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叶绿素荧光动力学包含着光合作用过程的重要信息，如光能的吸收和转化。能量的传递与分配、反应中心的状态，过剩能量的耗散以及反映光合作用的光抑制和光破坏。应用叶绿素荧光可以对植物材料进行原位、无损伤的检测，且操作步骤简单。所以叶绿素荧光越来越受到人们的青睐，在光合生理和逆境生理等研究领域有着广泛的应用。

叶绿素分子吸收光能（激发能）后，由基态跃迁到激发态，激发态是不稳定的状态，就会再回到基态，电子由基态回到基态的过程中，大部分能量转向反应中心推动光化学反应及后来的电子传递光合磷酸化，固定。还原CO2zui终将能量贮存在有机物中，一小部分能量以热的形式耗散，再有一部分能量以荧光的形式发出。这三者之间是此消彼长相互竞争的关系。因此我们可以用叶绿素荧光来研究光合作用的变化。
它可通过检测有机体光合作用过程中荧光及吸光度信号的变化来研究光合作用中的电子迁移。光化灯，检测灯均可外接，更换，时间分辨率可达10微秒。

叶绿素荧光仪的主要应用

1. 非光化学淬灭（NPQ）；

2. 光化学量子效率（ФPSII）；

3. 荧光诱导动力学曲线（OJIP）；

4. 类胡萝卜素带移；

5. 细胞色素的氧化还原，
包括Cyt b，Cyt f以及Cyt b6f；

6. P700氧化还原：
循环及线性电子流。